市委农村工作委员会：我们简称为市委农工委，顾名思义，是属于党委部门。其主要职责是负责贯彻落实党的农村大政方针的实施，统筹、协调、督查农村各项事务。简单来看，农工委可以理解为主要管“三农”中的两农，即农村和农民。在行政级别上，参照中央农村工作领导小组设置，市委农工委主任不少都高配副厅，由上级党委常委或副书记兼任。当然，也有正处设置的，具体以当地情况为准。
农业局：农业局是政府组成部门。其主要职责是负责管理农业工作的具体管理和实施工作。简单来说，就是负责“三农”工作的一农，即农业发展工作。在行政级别上，市农业局一般为正处级单位。农业局长一般由党委提名后，需经人大任免，才能正式上任。
北京市农村工作委员会属于市政府组成部门，是根据北京市人民政府机构改革方案和《北京市人民政府关于机构设置的通知》设立的，简称市农委，负责统筹协调北京市农村发展和农村经济工作。与此同时，还有一个机构是中共北京市委农村工作委员会，简称市委农工委，是中共北京市委派出机构。市委农工委主要负责本市农村工作，市农委和市委农工委合署办公。北京市农业局是市政府直属机构，是经国务院批准的北京市人民政府机构改革方案和《北京市人民政府关于机构设置的通知》设立的，主要负责北京市农业行业监督管理，主管北京市种植业、畜牧业、水产业和农业机械化工作。
在有的地方农业局、畜牧局、农机局、果业局统称为农业局；有的地方则分开设立。这主要取决于产业在当地农业生产方面的所占份额所决定的。市委农村工作委员会在称谓上也不尽统一，在有的县一级称为中共xx县委农村工作部，在市一级则称为xx委政策研究室；在省一级也称为xx省委政策研究室，中央称中央农村工作领导小组办公室。
最近，国家将中央农村工作领导小组办公室的职责，农业部的职责，以及国家发展和改革委员会的农业投资项目、财政部的农业综合开发项目、国土资源部的农田整治项目、水利部的农田水利建设项目等管理职责整合，组建农业农村部，作为国务院组成部门。中央农村工作领导小组办公室设在农业农村部，农业农村部的主要职责是，统筹研究和组织实施“三农”工作战略、规划和政策，监督管理种植业、畜牧业、渔业、农垦、农业机械化、农产品质量安全，负责农业投资管理等。
综合来看，市委农村委员会与农业局的关系，如同市委政法委与公安局、市委宣传部与文化局、市委组织部与市人社局的关系。一个负责在政治上和组织上的领导和协调关系，另一个则是政府的社会管理部门。