中国农业科学院是国家综合性农业科研机构，隶属于农业农村部，是副部级规格。院长由部党组成员兼任，党组书记为明确的副部级领导干部。
一、内设部门
办公室、科技管理局、人事局、财务局、基本建设局、国际合作局、成果转化局、直属机关党委、监察局。此为院职能部门，共计9个。主要负责人为副局级。
后勤服务中心、研究生院，为具有法人资格的二级单位。特别是研究生院，主要领导为正局级领导干部。
二、院属二级单位
二级单位中，有的为正局级，有的为副局级。比如，在内蒙古呼和浩特的草原研究所，是正局级。
1、京内单位（14家）
作物科学研究所、植物保护研究所、蔬菜花卉研究所、农业环境与可持续发展研究所、北京畜牧兽医研究所、蜜蜂研究所、饲料研究所、农产品加工研究所、生物技术研究所、农业经济与发展研究所、农业资源与农业区划研究所、农业信息研究所、农业质量标准与检测技术研究所、食物与营养发展研究所。
2、京外单位（19家）
农田灌溉研究所（河南新乡）。
中国水稻研究所（浙江杭州）。
棉花研究所（河南安阳）。
油料作物研究所（湖北武汉）。
麻类研究所（湖南长沙）。
果树研究所（辽宁兴城）。
郑州果树研究所。
茶叶研究所（浙江杭州）。
哈尔滨兽医研究所。
兰州兽医研究所。
兰州畜牧与兽药研究所。
上海兽医研究所。
草原研究所（内蒙古呼和浩特）。
特产研究所（吉林长春）。
环境保护科研监测所（天津）。
沼气科学研究所（四川成都）。
南京农业机械化研究所。
深圳农业基因组研究所。
都市农业研究所（四川成都）。
3、共建单位（9家）
柑桔研究所（重庆）。
甜菜研究所（黑龙江哈尔滨）。
蚕业研究所（江苏南京）。
农业遗产研究室（江苏南京）。
水牛研究所（广西南宁）。
草原生态研究所（甘肃兰州）。
家禽研究所（江苏扬州）。
甘薯研究所（江苏徐州）。
长春兽医研究所。
三、干部管理权限
1、院副职，以及全院所有的局级领导干部，副所以上职务领导干部，统一由部党组直接管理。
对于所级领导干部来说，根据工作需要，院党组可以提出人员补充和调整的建议。
2、院机关各部门处级及以下干部，后勤服务中心处级干部，研究所所长助理，统一由院党组管理。
3、各研究所管理内部处级以下领导干部。