生态农业，顾名思义就是在生态科学理论指导下，所开发的环境友好型、耕地固碳固氮型农业。长期坚持下去，耕地生产力不断提高，生产出来的食物为绿色食物或有机食物。因此，生态农业不是落后、低产、低效的代名词，而具有十分明显的生态、社会与经济效益。生态农业涉及的范围很广，农林牧副渔都会涉及，但在每一个环节都有物种的贡献，都有从事该行业农民的贡献。
那么，生态农业的优缺点分别体现在哪些方面呢？首先我们来看看生态农业的优点：
1、生态农业保护生态环境，没有面源污染
没有健康的生态农业无从谈生态农业。农田中主要害虫和杂草其实都是自然界正常的物种，能够用物理方法干扰控制的，尽量不用化学办法，能够恢复生态平衡，对产量不造成明显影响的，尽量减少人为干预，既节约了人工成本，还保护了农田生态环境。生态农业可以用少量的农药，主要是应急之用。可以用少量的化肥，但化肥利用效率高、用量少。根据我们的前期研究，如果发展生态农业，将目前90%以上的农药和50%以上的化肥停下来，对产量影响并不大。
2、生态农业产出的食物质量高，很少农药残留或零农残
由于前期投入的化学物质非常少，且尽量投入可降解的生物农药或低*农药，再加上自然界的自净能力，以大量的有机肥为主，这样的农产品口感是好的，即很多上世纪50-70出生的年代小时候的味道。最终产品是经得起农药残留检测的。如果农产品后期检测出多种农药残留，就不是在生态农业里生产的。
3、生态农业单位土地经济效益高
目前由于采取粗放式的化学办法种地，虽然产量相对高，但价格便宜，有时市场不好还会烂在地里，资源浪费严重。提高经济效益的办法有两种，要么继续扩大土地规模，但质量不提高价格不变，使经营者有利可图；要么提高产品质量，价位提高，加上生态农业不减产，一亩效益等于几亩，这样的话，对于消费者和生产者都是好事。前者购买了放心食品，保护了自身与家人健康，后者增加了收入，更愿意向土地中投入优质劳动。
4、种养结合、种植多样化、间作套种、立体种植
这是生态农业的最大优点。生态农业的大量肥料来自系统本身，“六畜兴旺”才能“五谷丰登”。在少量的土地面积上，可以提供大量的食物种类，豆科与禾本科植物间作套种，可以直接利用空气中的氮源，立体种植也能够实现。生态农业的食物多样性是其他农业方式做不能比拟的。物种多样性丰富，系统就稳定，抗风险能力就高。据笔者粗略估计，在北方一个人左右的村庄，可以提供的食物种类近种。
5、生态农业产量高
生态农业产量并不低，由于用地养地，被带走的养分通过有机肥或少量化肥补充。更关键的是，由于化学物质少，土壤动物和土壤微生物丰富，这些生物就间接将土壤中的矿物质释放出来，供植物根系吸收。这样模式下，如果坚持长期样地，产量是稳步增加的。12年实践，我们已经成功将低产田改变成高产稳产的吨粮田，取得这样的成绩我们没有使用农药、化肥、除草剂、激素、地膜、转基因种子。
6、全面提高水分与养分利用效益，节约资源，不产生浪费
由于生态农业尊重植物生长规律，因地制宜，根据农业的气候特点安排种植和养殖，重在与自然规律相一致，遵守24节气的农时，其水分、养分利用效率高，加上有饲养的动物，乡村餐余和作物秸秆都能够利用，增加了资源利用效率。
7、生态农业是耕地固碳型的，由碳排放逆转为碳吸收
目前的农业模式是排放温室气体的，高达44%-57%的温室气体来自现代农业及其相关的工业活动。用有机肥替代化肥可显著减少温带农田温室气体排放量。我们的长期研究发现，现代农业模式下，普通农田净释放温室气体，为2.7CO2当量ha-1yr-1，而生态农业净吸收温室气体，达8.8CO2当量ha-1yr-1，两者相加为11.5tCO2当量ha-1yr-1。这就是说，减少化肥使用，增加耕地有机质，可将温室气体埋藏到地下，是生态农业的副产物。
8、发展生态农业可全面带动农民就业
由于优质优价，加上生态环境优美，对城市人群有很强的吸引力。农业要素容易变成商业要素，从养殖到种植，从收获到加工，从加工到销售，从餐饮到观光旅游，从保健到养生到养老，乡村可以就地城镇化，吸引农二代、大学生二代，乃至城市精英就业。
了解了生态农业的各项优势，我们再来看看生态农业的缺点，生态农业主要有以下两个缺点：
一是要花费的劳动力多，农忙季节活重活累，农民多不愿意采用。生态学家需要研究一些方法，减少劳动力投入，如打农药的活基本可以停了，用机械播种与收获等。不过，只要比较效益高，农民就会投入劳动。如果进城打工不如在地里刨得多，他们就不愿进城打工。
二是集约化单一种植。这类就是美国式家庭大农场模式，每户农民经营土地几千乃至几万英亩，但种植多样性下降，投入的机械、化肥、农药、除草剂少，环境代价大，产品口感差，周围鸟类都停止了叫声。这样的农田是没有人气的农田，适合为动物生产饲料。美国用化学化农田生产的粮食多用于出口、做饲料、或做工业原料。
做生态农业规划设计的李船五老师认为：农业是数千年之国本，农业是人类最为基础的产业活动，农业的发展历史几乎和人类的发展历史相当。正所谓“民以食为天”，农业对于一个国家，特别是大国而言具有极其重要的战略意义，因此我国始终坚守18亿亩耕地红线，始终都要确保粮食能够自给自足，把中国人的饭碗牢牢的捧在自己的手中。农村脱贫大多都依靠农业，但是仅仅依靠农业是无法帮助绝大多数农民同志脱贫的，所以新农业的发展是推动农村脱贫致富的重要因素。
.在这一点上，山东省泰安市祝阳镇的奉高湖生态农业就做得很好，既实现农业的绿色转型发展，确保粮食安全与有效供给、食品安全与满足需求、生态安全与持续发展，又调动并保护好农民的积极性，提高了技术农民的就业和收入问题。