如今大部分地区的农村污水治理仍然处于初步摸索阶段，在实际的治理中也存在着各种问题，直接影响了农村生态环境的提升。
一是法律法规不健全。目前，我国农业水污染防治的立法体系只有《环境保护法》和年《水污染防治法》，其中《水污染防治法》第四十七至五十一条，对农业和农村水污染防治只进行了概括性规定。全国人大代表刘锐表示：农村污水治理相关的法律法规不健全，标准规范不完善。很多涉及农村污水治理的地方性法规都是原则性和*策性的规定，很难在实际工作中起到指导作用。
二是工程质量不合格。农村污水综合治理工程层层分包的情况十分普遍，在无利润的情况下，实际施工方只能想方设法节约施工成本，甚至在偷工减料上做手脚，所以质量问题、安全事故往往伴随而来。在施工结束后，乡村的道路破坏严重，修复遥遥无期，严重影响了群众的生活和出行。
三是管理机制未建立。*府未曾建立专门管理队伍，未明确主管领导和专职负责人员。相关职能部门缺乏对农村污水治理这类大规模、广分散模式的管理经验。同时，也没有具有承接农村污水设施长效管理能力的第三方机构、平台可以接手工作。监管部门未建立出水水质监督体系，导致处理后的水质千差万别。如果仅靠村委几个人去管理，更不现实。
建议从以下几方面入手：一是加快立法，弥补漏洞。加快农村污水治理立法工作，以解决农村污水治理职责不明、无法可依等问题。
二是落实责任，狠抓质量。把责任落实到中标单位和相关工作人员，寻找有资质、执业水准高的监理和审计公司对工程严格把控，并且要将群众监督要贯穿工程始末。
三是加强管理，提高保障。建立以第三方专业机构维运为主，村镇自行维运为辅的模式，对处理后的污水进行定期抽检。
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社渚镇张鑫